O Parque das Neblinas é o berço do rio Itatinga, importante patrimônio hídrico que percorre Bertioga e Mogi das Cruzes. A reserva protege 463 nascentes, o que corresponde a cerca de 50% de sua bacia, além de 14 dos 24 quilômetros do curso do rio. Além da relevância ambiental mostrada hoje, no Dia Mundial da Água, uma vez que está inserido no contexto da Serra do Mar, o rio Itatinga desempenha importante papel para economia: ele move a Usina Hidrelétrica da Companhia Docas do Estado de São Paulo (Codesp), que fornece energia para o Porto de Santos, o maior complexo portuário da América Latina.
O Itatinga é também um dos últimos habitats do Coptobrycon bilineatus (conhecido como lambarizinho ou piabinha), espécie de peixe classificada como Vulnerável (VU) à extinção e que não era coletada desde 1910. Nas suas águas vivem ainda outras 15 espécies de peixes. "O rio Itatinga é a principal artéria do Parque das Neblinas, que conserva também outras 14 nascentes que desaguam para o Alto Tietê. Além disso, o Itatinga cruza outras unidades de conservação, como o Parque Estadual Serra do Mar e o Parque Estadual Restinga de Bertioga, sendo de fundamental importância para o equilíbrio de ambientes como o mangue e a restinga do município de Bertioga", afirmou Paulo Groke, diretor de Sustentabilidade do Instituto Ecofuturo, que gerencia o espaço.