Assim como outros municípios da região, Guararema pertencia a Mogi das Cruzes. Inicialmente era comandada pelos jesuítas e começou a ser formada em volta da Igreja da Freguesia da Escada. Passou a se desenvolver em 1875, quando Dona Laurinda de Souza Leite, a fim de auxiliar uma ex-escrava, doa terras a Maria Florência, que passa a liderar o processo de construção da atual Igreja Matriz, hoje a Igreja de São Benedito.
Ao seu redor, novos moradores surgiram, formando o vilarejo que recebeu o nome de Guararema, que significa "madeira mal-cheirosa", devido à grande quantidade na região de uma espécie de árvores com esta característica, conhecida como pau-d'alho. O povoado crsceu com a vinda da Estrada de Ferro Central do Brasil. Mais tarde, em 1898, a vila tornou-se oficialmente município.