Mogi das Cruzes possui um sistema integrado de coleta de lixo e descarte de materiais inservíveis, que funciona continuamente e que auxilia a população em épocas de chuvas mais intensas, como o verão.
Além da coleta de lixo tradicional, a cidade possui três ecopontos - localizados no Jardim Armênia, Parque Olímpico e Jundiapeba - e a Operação Cata-Tranqueira, que percorre os bairros periodicamente recolhendo objetos sem uso descartados pela população.
A destinação correta de lixo e materiais sem serventia é fundamental para garantir a fluidez dos cursos d'água e a limpeza de áreas abertas. A coleta de lixo regular permite o descarte dos objetos de forma adequada.
Por conta da pandemia da Covid-19, o trabalho dos catadores foi suspenso na Usina de Triagem da Vila São Francisco, que passa por um processo de reforma e ampliação. Os catadores foram deslocados para os três ecopontos. A limpeza de córregos e cursos d'água acontece continuamente, e de forma mais intensa durante os meses que antecedem o verão, com o objetivo de aumentar a vazão da água. Neste mês de janeiro, a Prefeitura realiza ações para minimizar os efeitos das chuvas, em um trabalho integrado e realizado por diversas secretarias. Para o atendimento de emergências causadas pelas chuvas, a Prefeitura mantém a Operação Verão, que acontece no período entre 1º de dezembro e 31 de março.
Emergências podem ser informadas pelos telefones 199 (Defesa Civil) e 153 (Guarda Municipal). Para denúncias de descarte irregular de lixo, é importante que os cidadãos acionem a Prefeitura pelo telefone 153.