Mogi das Cruzes teve seu nome oficial atrelado a fatores que caracterizam sua região, bem como relatos dos viajantes que por aqui passaram. “Mogi” é um nome de origem tupi, que tem seu significado marcado como "rio das cobras", sendo que ao longo dos anos, a grafia M'Boijy, foi alterada para Boigy, depois para Mogy, Moji e, finalmente, para Mogi. A linguagem popular tratou de acrescentar o termo "Cruzes" ao nome oficial da Vila. Era costume dos povoadores sinalizar com cruzes os marcos que indicavam os limites da vila.
De acordo com o Conselho Municipal de Preservação do Patrimônio Histórico, Cultura, Artístico e Paisagístico de Mogi das Cruzes (Comphap), quando foi proclamada a cidade, seu nome era Vila de Sant’anna de Mogy Morim, já que na língua indígena, Mirim quer dizer pequeno, o que provavelmente faz uma referência ao riacho Mogi Mirim.
Uma grande contradição que envolve o nome destinado à cidade com mais de 400 mil habitantes está relacionada a sua grafia. Para órgãos oficiais, a forma correta de se escrever é "Moji", devido a determinações impostas pela grafia brasileira. Entretanto, ao longo dos anos, a população e a Imprensa trataram de alterar o nome para Mogi, grafia utilizada até hoje pelos moradores.
A discussão sobre a grafia correta permanece, e é alimentada por grupos especializados no tema, que debatem a questão em fóruns na internet.