O Serviço Municipal de Águas e Esgotos (Semae) coletava, até 2008, 87% do esgoto de Mogi das Cruzes, e tratava 28%. Com os avanços, se comparado com os serviços atuais, houve um aumento de 9% na coleta e 117% no tratamento. Atualmente, 95% do esgoto é coletado e 61% recebe o tratamento. No ano de 2000, a cidade coletava apenas 78% e tratava 5%.
Um levantamento divulgado em abril pelo Instituto Trata Brasil destacou Mogi como a 32ª cidade dos país no Ranking de Saneamento.
Com obras de esgotamento sanitário sendo realizadas no bairro do Botujuru e no distrito de Cezar de Souza, além do Coletor Ipiranga, 96% do esgoto passará a ser coletado e 71% tratado, isso, nos próximos anos. Das obras no Botujuru, por exemplo, são 45 quilômetros de redes de esgoto, 2.760 ligações prediais, 3.500 novas ligações prediais ao término da obra, três Estações Elevatórias de Esgoto (EEE), 4 mil metros de linhas de recalque e 4,5 mil metros de coletores-tronco, na avenida Francisco Rodrigues Filho.
Em Cezar, as obras são a construção de uma EEE, na avenida Presidente Castelo Branco, 1,5 mil metros de recalque e 7,5 mil metros de coletores-tronco. Atualmente, a obra está com 50% dos trabalhos finalizados e a prefeitura realiza o processo de desapropriação de áreas para a instalação de estações de bombeamento e coletores-tronco.
Nesses bairros, já foram colocados 33.210 metros de redes coletoras, 906 unidades de poços de visita, 2.667 ligações domiciliares, 3.554 metros de linhas de recalque e 460 metros de coletores-tronco. O investimento total é de R$ 26.056.871,01.
Outra ação em andamento é a instalação de 58,5 quilômetros de redes e 15,6 quilômetros de coletores-tronco nos bairros da divisa com Suzano e Itaquaquecetuba, graças ao convênio firmado entre a prefeitura e a Companhia de Saneamento Básico do Estado de São Paulo (Sabesp). Os trabalhos devem terminar em 2019, e o investimento é de R$ 38 milhões.
Dentre as principais obras previstas está o coletor dos rios Negro e Ipiranga. O investimento é de R$ 9.029.393,41, sendo que o governo federal arcará com R$ 7.665.779,91. A prefeitura aguarda a análise do Ministério das Cidades da Síntere do Projeto Aprovado para realizar a licitação e iniciar as obras. O sistema deve sanear 100% da bacia do Ribeirão Ipiranga, com a coleta e tratamento do esgoto que é despejado no Rio Negro.
