A manutenção de córregos e dos sistemas de drenagem da cidade colabora para atenuar os problemas causados pelas chuvas em Mogi das Cruzes. Esta ação é realizada pela Secretaria Municipal de Serviços Urbanos durante todo o ano. "É importante que esta seja uma ação contínua para que, no período de chuvas, a drenagem possa cumprir seu papel", lembrou o prefeito Marco Bertaiolli. Após fortes chuvas, as equipes da Secretaria de Serviços Urbanos também realizam limpezas e verificações das estruturas nos córregos.
A administração municipal também mantém uma grande estrutura para receber materiais inservíveis a serem descartados pela população, evitando que, com o descarte irregular, eles cheguem a rios, córregos ou bocas de lobo. A cidade conta dois Ecopontos, localizados no Jardim Armênia e no Parque Olímpico, que recebem materiais como pneus, óleo de cozinha, restos de construção civil, lixo reciclável e lixo eletrônico.
Além disso, a Prefeitura mantém Ecopontos nas Administrações Regionais de Biritiba Ussú, Quatinga, Sabaúna e Taiaçupeba e os Ecopontos Itinerantes, que percorrem regiões da cidade. Outra opção para o descarte correto de materiais é a Operação Cata-Tranqueira, que atende todos os bairros três vezes por ano. Já o lixo domiciliar deve ser descartado na coleta normal, que atende os bairros do município ao longo da semana.
