A Secretaria Municipal de Transportes também montou um esquema especial, que inclui interdições e atendimentos excepcionais em diversas linhas do transporte coletivo. A Avenida Cívica e avenida Professor Ismael Alves dos Santos serão interditadas e o estacionamento de veículos nos arredores, inclusive em vias como Yoshiteru Onishi e Prefeito Carlos Ferreira Lopes, será permitido das 18 horas do sábado às 10 horas da segunda-feira. A rua Masuzo Naniwa também estará interditada e terá apenas trânsito local.No sábado e na segunda-feira, os ônibus do transporte coletivo municipal seguirão a programação de horário de um sábado. Já no domingo e na terça-feira a programação será como num domingo. Onze linhas farão saídas excepcionais a partir do Terminal Estudantes, para atender ao público que se retira da área da festa. Além disso, haverá quatro veículos de reserva, para atender a qualquer eventualidade.As linhas que terão saídas excepcionais são: E 102 (Jardim Pavão), E 103 (Jundiapeba), E 111 (Jardim Layr), E 203 (Conjunto Santo Ângelo), E 303 (Conjunto São Sebastião, C 201 (Jardim Ivete), E 392 (Manoel Ferreira), E 394 (Taiaçupeba), C 405 (Conjunto Residencial Cocuera), C 501 (Cezar) e C 692 (Sabaúna). Na segunda-feira a programação segue com a apuração no Tiro de Guerra de Mogi das Cruzes. Das 10 às 12 horas as escolas de samba terão a oportunidade de protocolar recursos, do meio-dia às 14 horas esses recursos serão analisados e a apuração em si começa às 14 horas. A previsão é que o anúncio das campeãs se dê no máximo às 16 horas. Já na terça-feira, último dia da programação do Carnaval Mogi das Cruzes 2016, acontecerá a Festa das Campeãs, a partir das 20 horas, no Theatro Vasques. Nesta festa, além das premiações gerais às agremiações, também será feita a entrega do Prêmio Estandarte de Ouro, que reconhece o trabalho dos membros das escolas de samba, em categorias como bateria, carnavalesco, comissão de frente, mestre-sala, porta-bandeira, enredo, samba enredo, puxador, fantasia, alegoria, rainha de bateria, escola empreendedora, melhor torcida, diálogo com a comunidade e prêmio incentivo. A entrada para os desfiles do Carnaval Mogi das 2016 é inteiramente gratuita.