O túnel 2, atualmente em obras, terá 298 metros de comprimento e ligará as ruas Dr. Ricardo Vilela e Hamilton da Silva e Costa. Já o segundo túnel, com extensão de 426 metros, ligará a rua Cabo Diogo Oliver à avenida Governador Adhemar de Barros e a previsão é de que esteja concluído em dezembro de 2017.
A obra permitirá o fechamento da passagem de nível ao lado da estação, eliminando, assim, o principal gargalo do trânsito da região central da cidade.
No projeto da nova região central, a Estação Mogi das Cruzes da CPTM será deslocada em cerca de 150 metros e ficará bem em frente ao Terminal Central de ônibus, de onde partirá uma passarela para que os usuários acessem as plataformas ou atravessem a linha férrea. Estas intervenções ficarão a cargo da companhia estadual.
